Alberto San Juan comenzó su formación actoral en la escuela de Cristina Rota. Fue allí donde se gestó uno de los proyectos fundamentales de su carrera en el año 1996, cuando en compañía de Nathalie Poza, Ernesto Alterio y Willy Toledo, compañeros de promoción, funda la compañía teatral Ración de Oreja. Un año después, Alberto san Juan funda la compañía Animalario, con Andrés Lima y Guillermo Toledo, uno de los motores esenciales del teatro español de la última década. Como actor, autor o co-director trabajó en montajes como El fin de los sueños, Tren de mercancías, Hamelin, Marat-Sade, Argelino, Urtain, Tito Andrónico (estrenada en el Teatro Romano de Mérida junto a Javier Gutiérrez y Nathalie Poza), Penumbra, El montaplato, Pornografía barata o Alejandro y Ana, por la consiguió en 2003 el Premio Max al Mejor Espectáculo de Teatro. Es también autor de obras como Que te importa que te ame y El Fin de los sueños, obteniendo por esta última el Premio Max de Teatro Alternativo. En octubre de 2009, fue galardonado con el premio al mejor actor en la Semana Internacional de Cine de Valladolid, por su interpretación en la película La isla interior. Desde 1995 también se consolida como uno de los valores más sólidos de nuestro cine con películas como Entre las piernas, Los lobos de Washington, El otro lado de la cama, por la que logra su primera candidatura al Goya o Bajo las estrellas, por la que obtiene su primer Goya y la Biznaga de Plata al Mejor Actor en el X Festival de Málaga. Además, es co-fundador de Teatro del Barrio, ubicado en pleno barrio madrileño de Lavapiés, un espacio que nació en 2014 a modo de cooperativa, con un movimiento asambleario y horizontal, destinado a actividades escénicas de pensamiento y debate, y que ha producido obras de teatro propias como Autorretrato de un joven capitalista español o El Rey, cuya adaptación homónima al cine fue estrenada en la 15º edición del Festival de Sevilla, suponiendo su debut como director cinematográfico.